La actividad coordinada de las neuronas también produce campos magnéticos además de las corrientes eléctricas que medía la EEG. La intensidad de estos campos es tremendamente pequeña pero puede ser medida por una técnica denominada magnetoencefalografía o MEG.

La EEG y la MEG son técnicas conceptualmente similares pero la MEG ofrece una calidad de señal superior y una resolución temporal muy alta.

Sin embargo, sus costes son mucho mayores por lo tanto no es una técnica tan popular en neuromarketing. Un equipo de magnetoencefalografía, que requiere una sala aislada de campos magnéticos para poder medir los débiles campos magnéticos del cerebro, puede costar alrededor de 2 milones de dólares.