Uno de los principales problemas del neuromarketing se encuentra en la comunicación entre científicos y comunicadores. En el momento actual un comunicador tiene que aprender algunos términos de neurociencias para seguir a los científicos y los científicos necesitan hacer un esfuerzo para ofrecer información relevante a las preocupaciones de los comunicadores. De hecho, los sistemas de visualización de los datos de los estudios (gráficas y animaciones) son uno de los secretos mejor guardados en el sector del neuromarketing.
Como consecuencia de los desacuerdos entre científicos, no existen estándares claros y aceptados en el sector del neuromarketing. Cuando encargas un estudio a una empresa concreta de neuromarketing, esa empresa utilizará su metodología propia para realizar el estudio. La metodología de cada epresa será un reflejo de los conceptos que maneje su equipo científico.
Siendo el neuromarketing un campo muy nuevo y la neurociencia un ámbito de investigación con cierto recorrido pero ausencia total de teorías holísticas sobre el funcionamiento del cerebro, los investigadores que trabajan en este campo no tienen acuerdos ampliamente aceptados a la hora de definir conceptos de investigación en neuromarketing.
Puesto que la tecnología es cara, los estudios de neuromarketing se realizan con muestras muy pequeñas. En algunos casos, pueden darse muestras de 10 o 15 personas, que son muestras suficientes para constatar las cuestiones más universales basadas en las respuestas automáticas de nuestros cerebros, pero que desde luego carecen de la profundidad para establecer diferencias entre grupos de personas (neurografía, como la demografía pero basada en respuestas neuronales).
En el estado del arte actual, las investigaciones de neuromarketing resultan caras, tanto por la novedad de la tecnología y las téncicas de investigación utilizadas como por la necesidad de contratar a personal muy especializado para realizar los estudios.
